Badacze prowadzą intensywne testy nad szkodliwością fluoru i substancji pochodnych. Dotychczas zdania naukowców na ten temat nie były jasno określone. Niektórzy eksperci zaliczają fluor do tzw. makroelementów pierwiastków śladowych niezbędnych do właściwego funkcjonowania organizmu. Inni z kolei dowodzą szkodliwego działania fluoru już w minimalnych ilościach.
Woda pitna z zanieczyszczonej kanalizacji może być jedną z poważniejszych przyczyn wzrostu zachorowań na choroby nowotworowe. Z literatury lat 90. XX w. możemy się dowiedzieć, że człowiek rozwijał się i funkcjonował w naturalnych warunkach bez fluoru. W związku z tym można stwierdzić, że fluor nie jest konieczny i nie można go zaliczyć do makroelementów. Dawka śmiertelna to 1,4-2,3 g. Objawy zatrucia występują już po spożyciu kilku miligramów a więc jest to ilość jaką możemy wprowadzić do organizmu wraz z nieprzefiltrowaną i nieprzebadaną wodą pitną. Do tego należy również dodać zawartość fluoru w powietrzu i żywności, który także spożywamy.
Fluor oddziałuje na mikro poziomie komórkowym. Wiążę magnez w nierozpuszczoną sól, zaburza to cykl biochemiczny komórki i prowadzi do jej obumarcia a nieraz także do zmian mutacyjnych mogących być początkiem nowotworu. Na skutek upośledzenia komórki zostają zahamowane procesy tworzenia energii w komórkach. Dostarczony w mikro ilościach fluor może uszkodzić kod genetyczny. Chroniczne i długotrwałe narażenie na oddziaływanie fluoru i jego pochodnych prowadzi do cętkowania szkliwa zębów i fluorazy szkieletowej polegających na bardzo dużych zmianach kostnych.
Jednym ze sposobów ochrony przed skażeniem fluorem są filtry do wody a także stosowane częściej w skali przemysłowej odżelaziacze i zmiękczacze do wody. Zestaw takich urządzeń eliminuje ciężkie metale, grzyby, bakterie oraz wirusy.